W wielu organizacjach ewidencja czasu pracy i naliczanie wynagrodzeń funkcjonują jako dwa odrębne obszary, często obsługiwane przez różne systemy lub moduły połączone integracją. W praktyce oznacza to ręczne uzgodnienia, korekty, wyjątki i dużą zależność od wiedzy operacyjnej działu kadr.